Nadleśnictwo Stuposiany leży w granicach specjalnego obszaru ochrony siedlisk (SOO) o nazwie "Bieszczady" oraz w zasięgu obszaru specjalnej ochrony ptaków (OSO) również o identycznej nazwie.

Występuje tu co najmniej 38 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 13 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi (PCK), a gniazdowanie stwierdzono w odniesieniu do około 150 gatunków ptaków.

W okresie lęgowym Obszar zasiedla: powyżej 1% populacji krajowej bociana czarnego, dzierzby czarczelnej, dzięcioła białogrzbietego, muchołówki białoszyjej, orlika krzykliwego, orła przedniego, puchacza i trzmielojada, a co najmniej 1% populacji krajowej dzięcioła trójpalczastego, dzięcioła zielonosiwego, gadożera, głuszca, orzełka włochatego, puszczyka uralskiego, sóweczki, włochatki, płochacza halnego, zaś w stosunkowo wysokim zagęszczeniu występują bocian biały i derkacz.

Obszar stanowi jedna z najwartościowszych w Europie ostoi fauny puszczańskiej ze wszystkimi wielkimi drapieżnikami (niedźwiedź, wilk, ryś).

Występują tu bardzo silne populacje wydry, węża eskulapa i traszki karpackiej. W faunie wodnej występuje około 700 gatunków zamieszkujących siedliska wodne, wśród których 24 to endemity karpackie.

Bogata jest również flora roślin naczyniowych (1100 gatunków), z wieloma rzadkimi zagrożonymi gatunkami, w tym chronionymi prawnie oraz kilkoma endemitami wschodniokarpackimi.